O ministro Luís Roberto Barroso rejeitou um pedido feito pelo advogado Ezequiel Silveira no dia 24 de março para afastar Flávio Dino do julgamento relacionado aos atos golpistas do 8 de janeiro. A solicitação indicava que Dino, por ser ministro da Justiça do governo Lula até o final de 2023, possuía interesse direto na ação. Barroso argumentou em sua decisão que o advogado não conseguiu demonstrar de forma clara e específica os possíveis conflitos de interesse de Dino no caso.
O papel desempenhado por Flávio Dino de defender o governo e enfrentar adversários ficou sem um substituto designado, conforme apontado em uma reportagem. Por sua vez, a ex-primeira-dama Michelle Bolsonaro afirmou que Dino nomeou a Operação Lucas 12:2 da Polícia Federal, causando desconforto em relação à sua postura.
Em outra ocasião, Flávio Dino sugeriu a notificação de militares sobre uma decisão do Supremo Tribunal Federal relacionada às Forças Armadas, defendendo a predominância do poder civil sobre a função militar. Este posicionamento gerou debates e contribuiu para a formação de votos no STF a respeito do papel das Forças Armadas na democracia.
Apesar do pedido inicial de impedimento, a decisão monocrática de Barroso rejeitou a solicitação de afastamento de Flávio Dino do caso. Em resposta, o advogado recorreu da decisão do presidente do STF e solicitou que a questão seja discutida no plenário da Corte.
