As forças de segurança do Estado de São Paulo afirmam que atuam de forma legal e dentro de seu dever constitucional, seguindo protocolos operacionais rigorosos. Qualquer tipo de excesso ou desvio de conduta não é tolerado. A Corregedoria da Polícia Militar está disponível para receber e investigar denúncias sobre a atuação de seus agentes.
As mortes ocorridas durante a Operação Verão, em resposta à reação violenta de criminosos às ações de combate ao crime organizado, estão sendo rigorosamente investigadas pelas polícias Civil e Militar, com apoio das corregedorias, Ministério Público e Poder Judiciário. As armas utilizadas pelos criminosos, incluindo fuzis de uso restrito, foram apreendidas em todas as ocorrências, e o trabalho da perícia é parte fundamental da investigação.
Foram realizados exames periciais em todas as ocorrências da Operação Verão, abrangendo locais dos eventos, corpo de delito, residuográfico e balística. Além disso, destaca-se que as perícias locais podem ser suspensas em situações excepcionais, como alto risco de confrontos. Em um caso específico, disparos foram efetuados contra a equipe que tentava realizar a perícia no local.
A atuação das forças de segurança na Baixada Santista resultou na prisão de lideranças do tráfico de drogas e na detenção de mais de 2 mil criminosos, incluindo 876 procurados pela Justiça. Também foram retiradas das ruas 238 armas de fogo ilegais e apreendidas 3,5 toneladas de drogas, o que causou prejuízos significativos ao crime organizado.